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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已提示出多方面的怪物可溶性，属于抗肿癌和抵抗疾病毒能力。经常，三萜是顺利通过甲羟戊酸方式生成的，并从当然绿植和真菌孢子中生成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发布了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的设计小论文。该设计发展三萜类有机物野生灵芝粉酸（GA）是进行流体培养教育的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋生物体转为有的。采用转录组和蛋白质酶质组学高水平进两步探求无柄野生虫草菌丝体中DHT有二种野生虫草酸（GA）的工作机制，并按照其几组学高水平检查测量到的差别什么是基因和差别蛋白质酶，得出DHT 海洋生物体合并 GA 的路经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和功效等级分类

用对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体实行转录组测序共实现67230个转录本和1429八个单DNA。在这样单DNA中，498个被判定为对比把你想表达方式爱出来DNA（DEGs），在这当中213个把你想表达方式爱出来上浮，279个把你想表达方式爱出来调低（图1A）。GO丰度研究后，DEGs分成微生物阶段（BP）、内部系含量（CC）和分子式作用（MF）3类。在BP行业分类中，存在了前几个子行业分类：抗菌药降解基础产生阶段，乙酸盐基础产生阶段和甲酸盐基础产生阶段;而在CC行业分类中，内部系外区、突触符合体、突触型式是前几个亚类。关于MF行业分类，甲酸脱氢酶（NAD）亲水性酶、氧化的呈现酶亲水性酶和酸氨（或酰胺）无线连接酶亲水性酶是前几个亚行业分类（图1B）。在DEGs的KEGG环路研究中，前30条丰度度极限的环路含有27条应归基础产生，在这当中二氧化氮基础产生、乙醛酸盐和二羧酸盐基础产生、丙酸盐基础产生4g信号环路相关性丰度（图1D）。

图1|转录成分析和效果分为

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

按照对无柄灵芝粉细菌菌丝体开始淀粉酶质组学阐述，共计确实了16,457种现代感肽、2606种淀粉酶质和2588种降钙素原检测淀粉酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的挑选前提条件下，这里2606种淀粉酶质中，94种被鉴别为差别的表答淀粉酶（DEPs），这其中的52种调涨，42种再降（图2A），图2C信息提示了差别的表答淀粉酶的聚类探讨阐述热图。从GO阐述来瞧，BP行业类型信息提示，大多都数DEPs参与者乙酸盐产生整个阶段、四环素可分解成产生整个阶段和制剂可分解成产生整个阶段。CC类DEPs在血神经元外区、过被氧化物质物酶体和微体中占有率极高，被氧化物质还原成酶活力和甲酸脱氢酶（NAD）活力在MF类中DEPs的比倒极高（图2B）。与转录组可是同类，KEGG环路阐述信息提示，更多DEPs在产生中丰度，这其中的3条最丰度的经过是光合动物中的碳固定住、碳产生和MAPK无线信号环路（图2D）。凡此种种，按照阐述GO数据定性分析库的CC对DEPs开始亚血神经元确定阐述和批注（图2E），DEPs大部分生长在血神经元质（40.66%）、血神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论与实践上是GAs动物合并的大部分选址。

图2|蛋清质组的化学发光法分析一下和功能表效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物被转化和差表组侯选人DEGs和DEPs制作而成了维恩图，有20个不同之处体现什么是人类遗传基因（图3A）。对转录组和球营养素组中E组和C组共出的DEGs/DEPs实现聚类深入研究分析深入研究分析，显示mRNA和球营养素之前有1几个调整什么是人类遗传基因和几个再降什么是人类遗传基因，DEGs和她的英译的DEPs体现能力呈正有关的，鉴于Pearson的有关的常数深入研究分析，在转录组和球营养素组之前监测到相对性较高的有关的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）测量没想到凸显，E组和C组13个DEGs的表达出来出来平均水平性别差异偏态，在这其中9个为上浮DEGs，多个为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表达出来出来趋势分析与转录混合物析没想到不同。

图3|蛋白酶质组的酶联免疫法分享和功能键认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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