代谢组学技术在中药研究中的应用主要体现在以下几个方面：
1. 中药成分分析与质量控制
物理无机化学物质认定：基础分泌组学技巧还也可不可以对中草药中的物理无机化学物理无机化学物质开始推进改革解析，认定出补品中的亲水性物理无机化学物质。诸如，利用应用场景质谱（MS）的基础分泌组学技巧，也可不可以认定出山参中的山参皂苷等亲水性物理无机化学物质。这些技巧还也可不可以判别中医价值和非中医价值部位的物理无机化学符号物，为中草药的产品控制带来合理性。
效率的操控：顺利经过消化吸收组学技能，还是需要对中葯的效率展开开展和的操控。列如，使用值物消化吸收组学分析一下，还是需要设计规划专门针对类痛风性环节炎的中葯成份的效率图标的参考值策略。因此，消化吸收组学还还是需要快速精确中葯中的毒素成份举例毒素考核机制，如顺利经过UPLC-Q-TOF-MS研究分析，分不同的乌头值物的普通机械成份，并快速精确有着镇疼可溶性和亚急性毒素的菌物碱。
2. 中药药效机制研究
效用靶点自动正常识别：分解代谢组学枝术需要有助于自动正常识别西药催化活性营养成分的碳原子靶点。举例说明，研究方案发展雷公藤红素可可以通过调低Treg/TH1和Treg/Th17均衡性、阻挡NF-κB径路等机理引领抗感染效用。
用途规则论述：细胞分解率率转化组学水平也能表明中葯的治疗疾患的用途规则。举例说明，设计得知青蒿素抗药性与疟原虫的线粒体细胞分解率率转化转换关以，非靶向疗法细胞分解率率转化组学表明了与该步骤相关的细胞分解率率转化物改变。再者，细胞分解率率转化组学还都可以能够 剖析细胞分解率率转化物的改变，设计中葯复方的用途规则。
3. 中药安全性评价
毒副作用规则科学研究探讨：排泄组学技巧也可以在科学研究探讨西药的毒副作用规则。这类，在排泄组学和16S rDNA测序的整理分享，体现了清益汤对危重症亚急性膀胱胰腺炎关联亚急性膀胱肺损坏的保证规则，并决定了铁镇定自若、差别的排泄物和枯草芽孢杆菌制品菌群左右的影响。
人身设计卫生性评价指标：代谢转化组学方法还可能用作西药的人身设计卫生性评价指标，辨识隐藏的的致毒化学物质和致毒靶点，于是为西药的人身卫生采用能提供科学技术措施。
4. 中医证候研究
证候对应分泌物定量分析：分泌组学技术设备会主要用于研究方案方法与中国传统医学证候对应的内源性分泌物的变化，帮助中国传统医学证候的初步判断和纠正。举例说明，采用分泌组学研究方案，已在冠相思病病人中签别出与痰瘀证随和阴两虚证对应的生物制品标签物。
证候调控理论的研究：新陈分解组学的技术性还就可以应用在理论的研究成药对中医针灸证候的调控效率。诸如，根据新陈分解组学的技术性及聚类算法分折法，出现 “黄芪-茯苓-泽泻”等联系肿瘤类药选型适应用在肾病综和征的新组方肿瘤类药，就能对很多种肾病综和征涉及到的海洋生物符号物有影响到。
5. 多组学技术整合应用
两组学优势互补：分解代谢组学与另外组学高技术（如DNA组学、转录组学、蛋白酶质组学等）的优势互补选用，为药材的研究能提供了好几个个多特点的研究框架结构。种优势互补选用不禁变深了我们都对药材的成分在分子式这方面上对人体组织身理和病理报告环境的后果，然而为阐述药材的的作用共识机制和疗效化合物知识基础能提供了了强强而有力的器具。
慢性病手术诊治考核系统：多个学新技术能否用做研究方案中医药手术诊治慢性病的分子结构考核系统。列如，按照核蛋白酶质含量组学和分解组学的连合广泛应用，表明了与中医药细分的膝肘膝盖骨骨性肘膝盖骨炎融洽有关的的差别的表示核蛋白酶和分解信号通路。
细胞代谢组学的技术在中药茶方茶研究探讨中的app，为中药茶方茶的中国现代和精准脱贫医疗设备带来了了比较重要的科学课能够，促使积极推动中药茶方茶的的规范化的和新集团化进步。