在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

探究数据

1、从光敏提升肿瘤细胞中取出DNA交连血清质

从而溶合光交连胆固醇质-DNA软型物应用在LC-MS分享，编辑开发技术新一种性质发生变化纯化实施方案，可从DNA中去就算交连胆固醇质，仅在阳光照射时能够随时什么是基因组碰触含有DNA交连胆固醇质。用TRIZOL提炼上色质并我们要除逮捕获的非交连胆固醇，以后将其再一次溶于以参与RNase消化不好系统。能够多普勒彩超抗拉得出胆固醇质交连DNA的提炼物，在硫氰酸胍中蒸煮性质发生变化，并在二腐蚀硅离心式柱上巨烈洗條以去就算交连胆固醇质直到完全。能够核酸酶正确处理从DNA中发出光交连胆固醇，并参与胰胆固醇酶消化不好系统应用在LC-MS分享。该的办法名称为胆固醇质交连DNA提炼或XDNAX。

图1.蛋白酶质交连DNA去除或XDNAX过程图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可同时触碰DNA的蛋白酶质图谱

将光热塑最简单的方法利用于MCF7体血细胞，知道了1,805种备选核核蛋白酶酶，其中的1,191种的存在于3个或许多次从复中。60%的DNA上下级影响组配有核酸融入的GO引用，在或缺核酸融入引用的核核蛋白酶酶质中，最大的的贡献奖源于核纤层核核蛋白酶酶，再者是直接参与印染质公司和体血细胞瓦解的核核蛋白酶酶质（图2）。

图2 . 可立即打交道 DNA 的球氨基酸（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结出了DNA主动功效组所暗含的血清质-DNA界面显示及含有的核苷酸热塑肽。这是指原因（1）球状DNA融合设计域、（2）DNA 融合无章区（IDR）和（3）原因与相关血清质（举列组血清融合血清）、RNA（举列剪接细胞因子）或相剥离区室（举列核仁血清）主动功效而引起的大环境介于。

图3 . 可随便接觸 DNA的结构设计域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、参考值内部扰动当天与DNA联系的转录指数公式

生长性激素药类感觉α（ESR1）驻带到胞质溶胶中，终究会遇着其配体，重置易位到人体内部核质，在什么地方它与DNA组中的指定部分部分通过以提高指定部分的转录程序代码。将血清饥饿的MCF7人体内部核展现于高分子量生长性激素药类（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模以工作的剖析人体内部核更这句话的DNA互不功效组（图4A）。里面，生长性激素药类伤害性后DNA互不功效组中的ESR1增多了30倍（图4B）。总的讲，在1,814个酶联免疫法的蛋清质-DNA互不功效中，约有9%信息显示出达到2倍的有明显转变 ，并关注到与ESR1还具有互不功效的蛋清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌的激素进行处理乳腺纤维癌组织细胞 DNA 相护的作用组的化学发光法特别（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

研发探讨方案进去表观遗传组的高核苷酸质以熟知它是该如何被获取并付诸生活实践的，一致是科研项目相关人员同一个长久的的理想。表观遗传组可及性主要的以DNA为机构的角度看完成研发探讨方案，当然，到现如今即可，染色法质凝露中的的高核苷酸质与DNA 造成初中物理上下级角色尚不弄清楚。适用零长距离光交连，可发现DNA上下级角色组中的基本都数高核苷酸质，XDNAX能力将作为一个高核苷酸质-DNA上下级角色研发探讨方案的专业交通工具。

拜谱总结ppt

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的淀粉酶质组学、突显组学、分泌组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

借鉴论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.